Định hướng của ngành nông nghiệp là hình thành các tổ hợp tác, trang trại liên kết với doanh nghiệp sản xuất, chế biến và tiêu thụ. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT) sẽ hỗ trợ các hợp tác xã liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị thông qua sản xuất kinh doanh các sản phẩm chủ lực, ứng dụng công nghệ cao, áp dụng quy trình sản xuất có chứng nhận, kết nối thị trường.
Đổi mới, nâng cao vai trò của các hội, hiệp hội trong tham gia trong xây dựng chính sách, điều hành thị trường, cung cấp thông tin, kết nối thị trường, làm cầu nối giữa doanh nghiệp và người sản xuất. Tăng cường liên kết giữa các hợp tác xã, hình thành các hiệp hội ngành hàng, liên hiệp hợp tác xã.
Ngành nông nghiệp tổ chức lại sản xuất theo chuỗi giá trị ngành hàng, sản phẩm; phát triển các vùng sản xuất tập trung, gắn với công nghiệp chế biến, phát triển thương hiệu nông sản vùng, miền, địa phương phục vụ nhu cầu xuất khẩu.
Bên cạnh việc đẩy mạnh tuyên truyền, nâng cao nhận thức về bản chất, vị trí, vai trò của hợp tác xã nông nghiệp trong phát triển nông nghiệp nông thôn, ngành nông nghiệp sẽ đổi mới, hoàn thiện cơ chế, chính sách khuyến khích, hỗ trợ phát triển hợp tác xã nông nghiệp như: chính sách phát triển nguồn nhân lực, đất đai, tài chính, tín dụng, khoa học - công nghệ, thị trường, kết cấu hạ tầng.
Bộ NN&PTNT cùng các địa phương đổi mới, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp như rà soát, sắp xếp lại các hợp tác xã hoạt động không hiệu quả; xử lý dứt điểm các hợp tác xã ngừng hoạt động, chờ giải thể và các hợp tác xã chưa chuyển đổi, tổ chức lại theo quy định của pháp luật; cơ cấu lại các hợp tác xã tín dụng, nhất là xử lý một số hợp tác xã tín dụng yếu kém.