Theo Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Quốc gia, từ 9-11/9, trên các sông khác ở khu vực Bắc Bộ xuất hiện 1 đợt lũ. Trong đợt lũ này, đỉnh lũ trên các sông nhỏ tại các tỉnh miền núi phía Bắc, đặc biệt tại các tỉnh Lạng Sơn, Cao Bằng, Bắc Kạn, Bắc Giang, Lào Cai, Yên Bái, Hòa Bình, Sơn La lên mức BĐ2-BĐ3, có sông trên BĐ3.
Nguy cơ cao xảy ra ngập lụt tại các vùng trũng thấp ven sông tại các tỉnh Lạng Sơn, Cao Bằng, Lào Cai, Yên Bái, Phú Thọ, Bắc Giang, Bắc Kạn, Thái Nguyên, Hòa Bình, Ninh Bình, Thanh Hóa; lũ quét và sạt lở đất trên các sườn dốc ở khu vực vùng núi Bắc Bộ, Thanh Hóa. Cảnh báo cấp độ rủi ro thiên tai do lũ: Cấp 3.
Lũ trên các sông, suối lên gây ngập lụt tại các vùng trũng thấp ven sông, bờ bãi ven sông bị nước xâm lấn, nhiều diện tích bãi nổi giữa sông bị ngập sâu, ảnh hưởng tới các hoạt động như giao thông thủy, nuôi trồng thủy sản, sản xuất nông nghiệp, dân sinh và các hoạt động kinh tế - xã hội vùng hạ lưu sông Lô và sông Hồng - Thái Bình.
Mực nước lũ hạ lưu sông Hồng - Thái Bình duy trì ở mức cao nhiều ngày có thể làm lở đất ven sông và ảnh hưởng đến an toàn đối với các tuyến đê vùng ven sông đồng bằng sông Hồng - Thái Bình.
Theo dự báo, ngày 10/9, vùng núi và trung du Bắc Bộ tiếp tục có mưa to đến rất to với lượng mưa phổ biến 70-150mm, cục bộ có nơi trên 350mm. Từ đêm 10 đến ngày 11/9, khu vực này có mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to với lượng mưa phổ biến 40-80mm, cục bộ có nơi trên 150mm.
Khu vực đồng bằng và ven biển Bắc Bộ, Thanh Hóa đến Nghệ An có mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to với lượng mưa phổ biến 70-150mm, cục bộ có nơi trên 300mm; đêm 10/9 và ngày 11/9 có mưa vừa, mưa to, cục bộ có nơi mưa rất to và dông.
Trước khi bão số 3 vào đất liền, Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Quốc gia nhận định bão sẽ gây mưa to tại miền Bắc đến hết ngày 9/9.
Tuy nhiên, sau khi bão tan đã xuất hiện rãnh thấp qua Bắc Bộ. Hình thế thời tiết này gây mưa lớn kéo dài sang khu vực miền núi Việt Bắc và mưa trở lại ở đồng bằng Bắc Bộ, Thanh Hóa.
Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Quốc gia nhận định đêm 11 và ngày 12/9 mưa lớn ở khu vực vùng núi và trung du Bắc Bộ có xu hướng giảm dần.
Tuy nhiên, khu vực đồng bằng Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ có mưa vừa, mưa to, cục bộ có nơi mưa rất to và dông với lượng mưa từ 20-60mm, có nơi trên 100mm.