Qua quá trình thanh tra, Đoàn Thanh tra phát hiện, Công ty TNHH Vsip Quảng Ngãi đã nộp các loại tờ khai thuế, hồ sơ quyết toán thuế năm cho cơ quan thuế theo quy định. Tuy nhiên, đơn vị còn kê khai sai doanh thu tính thuế Giá trị gia tăng, tính thiếu thuế Giá trị gia tăng đầu ra, kê khai khấu trừ thuế Giá trị gia tăng đầu vào một số hoá đơn mua hàng hoá dịch vụ chưa đúng quy định. Ngoài ra, Vsip Quảng Ngãi cũng kê khai sai quyết toán xác định một số khoản chi vào chi phí được trừ để tính thuế Thu nhập doanh nghiệp không chính xác dẫn đến thiếu số tiền thuế Thu nhập doanh nghiệp phải nộp; khai quyết toán thuế tài nguyên không đúng theo đơn giá quy định dẫn đến thiếu thuế Tài nguyên.
Vì vậy, Cục Thuế Quảng Ngãi đề nghị hình thức xử phạt hành chính hơn 17 triệu đồng đối với Vsip Quảng Ngãi, yêu cầu doanh nghiệp này nộp số tiền thuế hơn 116 triệu đồng khi có quyết định xử lý vi phạm hành chính của Cục Thuế, bao gồm tiền truy thu gần 76,5 triệu đồng, tiền phạt hơn 17 triệu đồng và tiền chậm nộp hơn 22,5 triệu đồng.
Bên cạnh đó, cơ quan quản lý thuế tỉnh Quảng Ngãi cũng đề nghị Vsip Quảng Ngãi chấn chỉnh, khắc phục ngay những vấn đề còn tồn tại, thiếu sót trong kê khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế theo đúng quy định của pháp luật thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Công ty TNHH Vsip Quảng Ngãi bắt đầu hoạt động từ tháng 4/2012, có vốn điều lệ hơn 587 tỷ đồng. Ngành nghề chính là kinh doanh bất động sản, quyền sử dụng đất thuộc chủ sở hữu, chủ sử dụng hoặc đi thuê trong các khu đô thị, công nghiệp và dịch vụ. Dịch vụ quản lý các khu đô thị, công nghiệp và dịch vụ. Dịch vụ hỗ trợ kinh doanh, logistics cho các khách hàng trong các khu đô thị, công nghiệp, dịch vụ…
Doanh nghiệp có 2 dự án đầu tư trong giai đoạn thanh tra năm 2018 và 2019 là Khu công nghiệp, đô thị và dịch vụ Vsip Quảng Ngãi và Khu đô thị dịch vụ Vsip Quảng Ngãi giai đoạn 1 - Giai đoạn 1A.
Khu công nghiệp, đô thị và dịch vụ Vsip Quảng Ngãi có tổng diện tích đất định hướng phát triển toàn bộ dự án 1.226,86 ha. Trước mắt triển khai giai đoạn 1 diện tích 660 ha ở xã Tịnh Phong và xã Tịnh Thọ, huyện Sơn Tịnh. Thời gian hoạt động dự án 70 năm với hình thức cho thuê lại quyền sử dụng đất. Khu đô thị dịch vụ Vsip Quảng Ngãi giai đoạn 1 - Giai đoạn 1A có quy mô 99,78ha với dân số dự kiến khoảng 14 - 16 nghìn người. Địa điểm ở phường Trương Quang Trọng, xã Tịnh Ấn Tây, Tp.Quảng Ngãi. Thời gian thực hiện dự án 50 năm. Hình thức bán nhà ở và cho thuê, chuyển nhượng dự án đất dịch vụ thương mại.