Chùa Vạn Đức hiện tọa lạc tại số 502 trên đường Tô Ngọc Vân, thuộc khu phố 5, phường Tam Phú, TP Thủ Đức, TP HCM, được xây dựng từ năm 1954. Chùa nằm trên khu đất rộng vốn là của một gia đình giàu có trong vùng hiến tặng cả đất và nhà.
Theo tài liệu, khi Chiến tranh Đông Dương bùng nổ, sợ đối phương lập căn cứ ở đây, vào năm 1946, chính quyền thực dân Pháp ra lệnh không cho dân ở trên núi Cấm nữa. Vì vậy, nhà sư Thích Thiện Quang (thượng Thiện hạ Quang, 1895 – 1953) phải dẫn các đồ đệ xuống núi, tạm trú tại nhà Phật tử ở Tri Tôn, và sau đó (đầu năm 1947) đến tu tại chùa Linh Bửu ở vùng Cầu Bông (nay thuộc TP HCM)…
Đến sáng ngày 26/11 năm Quý Tỵ (1953), nhà sư ấy an nhiên viên tịch và được các đệ tử đưa về an táng tại đất mộ của gia đình bà Ba Hộ (tên Nguyễn Thị Tánh, pháp danh Diệu Tuyết) ở Thủ Đức (trước 1975 là một quận của tỉnh Gia Định, nay thuộc TP HCM).
Rằm tháng 1 năm Giáp Ngọ (1954), một đệ tử của nhà sư Thiện Quang là nhà sư Thích Trí Tịnh (thượng Trí hạ Tịnh; 1917 – 2014) từ chùa Linh Sơn (Vũng Tàu) về tham dự lễ chung thất và viếng mộ tôn sư (vì trong thời gian tang lễ, Thích Trí Tịnh đang nhập thất nên không về dự tang được). Nhân đây, bà Ba Hộ đã phát tâm cúng dường toàn bộ đất và ngôi nhà lớn tọa lạc trên đó cho nhà sư Trí Tịnh. Ngôi nhà này nguyên là của ông Nguyễn Văn Do, chú ruột thứ sáu của bà Ba Hộ. Sau khi ông sáu mất không người thừa kế, bà Ba là cháu ruột nên được đứng chủ quyền.
Sau khi nhận nhà và đất, ngày 16/3 (âm lịch) năm ấy, nhà sư Trí Tịnh cho thợ sửa lại nhà thành chùa (giữ nguyên hiện trạng, chỉ làm thêm phía trước cho giống chùa, rồi phía trước thờ Phật, phía sau thờ Tổ), và đặt tên là chùa Vạn Đức. Năm 1956, nhà sư Trí Tịnh làm thêm nhà Tổ. Năm 1957, nhà sư tiếp tục cho xây nhà công quả, khu nhà bếp, giảng đường, Tăng phòng…và đến năm 1958 thì hoàn thành.
Trải qua nhiều lần xây dựng, năm 2004, nhà chùa bắt đầu đại trùng tu chánh điện cùng nhà Tổ. Khu chánh điện hoàn thành sau 2 năm, với chiều cao từ nóc xuống đất là 43,5m, được công nhận là chùa "có chánh điện cao nhất Việt Nam".
Chánh điện chùa có hai tầng, tầng trệt là giảng đường, tầng trên là nơi diễn ra các hoạt động Phật pháp chính. Kiến trúc chánh điện mang đặc điểm của một ngôi tháp cao lớn, đỉnh là đài hoa sen. Mái lợp ngói lưu ly màu xanh và các họa tiết cây sen cách điệu tạo nên vẻ trang nhã.
Khu nội điện thờ Phật với không gian rộng rãi, phía trên trần cao hơn gần 40m. Nơi đây tôn trí tượng Phật Thích Ca và Tam thế Phật. Đặc biệt, trung tâm nội điện là bức phù điêu nổi hình cây bồ đề và phong cảnh sông Ni Liên Thiền. Trung tâm sách kỷ lục Việt Nam đã xác lập "Bức phù điêu cây bồ đề đắp nổi lớn nhất nước"... Cửa sổ xung quanh nội điện giống như đám mây trắng, treo tranh đức Phật và cửa thông gió hình chữ “Phật”. Bên ngoài, các góc chánh điện trang trí tượng Phật, Quan thế âm, thần Hộ Pháp, rồng và hoa sen cách điệu.
Cuối năm 2017, chùa xây dựng thêm bức tượng Phật cao khoảng 15m làm bằng đá nguyên khối đặt trước chánh điện. Chùa Vạn Đức là công trình kiến trúc tôn giáo đặc sắc. Tất cả cửa và cầu thang, hành lang… đều làm bằng thép trắng, xi măng, đá granite… với kiến trúc tinh xảo vừa mang tính truyền thống nhưng lại tân kỳ.
Với những dấu ấn đặc biệt, chùa Vạn Đức là một trong những công trình kiến trúc tôn giáo có quy mô lớn ở TP HCM. Ngoài giá trị về mặt thẩm mỹ, công trình còn là một kiểu mẫu cho nghệ thuật tạo hình trong kiến trúc hiện đại.