Để chuẩn bị cho lễ bốc thăm AFF Cup 2020, AFF đã tiến hành chia nhóm hạt giống cho 10 đội tuyển dựa trên thành tích thi đấu tại 2 kỳ AFF Cup gần đây nhất.
Theo đó, nhóm hạt giống số 1 gồm có đội tuyển Việt Nam (đương kim vô địch) và đội tuyển Thái Lan.
Nhóm hạt giống số 2 gồm có đội tuyển Malaysia và Myanmar. Nhóm 3 gồm các đội tuyển Philippines, Indonesia. Nhóm 4 gồm các đội tuyển Singapore, Campuchia và nhóm 5 gồm các đội tuyển Lào, Timor Leste hoặc Brunei (đá play-off tranh vé vớt).
Đội tuyển Việt Nam là đương kim vô địch AFF Cup.
10 đội tuyển sẽ được chia vào 2 bảng A và B, mỗi bảng 5 đội. Việc bốc thăm sẽ bắt đầu với 2 đội tuyển ở nhóm 5 (Lào và đội thắng trận play-off) cho vị trí A5/B5 ở lần bốc thăm đầu tiên. Tiếp đó lần lượt là 2 đội tuyển ở nhóm 4 (Singapore, Campuchia) cho vị trí A4/B4; 2 đội tuyển ở nhóm 3 (Philippines, Indonesia) cho vị trí A3/B3; 2 đội tuyển ở nhóm 2 (Malaysia, Myanmar) cho vị trí A2/B2 và cuối cùng là 2 đội tuyển ở nhóm 1 (Việt Nam, Thái Lan) cho vị trí A1/B1.
Theo lịch thi đấu đã được AFF thông báo, trận play-off tranh vé dự AFF Cup 2020 giữa Timor Leste và Brunei sẽ diễn ra vào ngày 1/12/2021. Các trận đấu tại AFF Cup 2020 được tổ chức từ ngày 5/12/2021 đến 1/1/2022.