Cụ thể, Bộ GTVT tiến hành cập nhật, điều chỉnh một số giải pháp thiết kế và thiết kế cơ sở của dự án cho phù hợp với điều kiện thực tế thực hiện; điều chỉnh hình thức đầu tư từ đối tác công tư sang đầu tư công với tổng mức khoảng 5.534 tỷ đồng gồm chi phí xây dựng và thiết bị 3.193,2 tỷ đồng; chi phí giải phóng mặt bằng, tái định cư 1.494 tỷ đồng; chi phí quản lý dự án, tư vấn, chi phí khác 328,8 tỷ đồng; chi phí dự phòng (không bao gồm giải phóng mặt bằng) 518,3 tỷ đồng. Thời gian xây dựng dự án hoàn thành năm 2023.
Bộ GTVT giao Ban quản lý dự án 2 xây dựng kế hoạch chi tiết triển khai thực hiện các công việc của dự án và tổ chức quản lý đáp ứng kế hoạch tiến độ; quản lý chặt chẽ việc thực hiện và chi phí đầu tư xây dựng theo đúng quy định của pháp luật. Ban quản lý cũng tiến hành rà soát, xác định nhu cầu kế hoạch vốn cần bố trí năm 2021 và dự kiến, đề xuất kế hoạch vốn các năm tiếp theo để báo cáo Bộ GTVT nghiên cứu bố trí vốn cho phù hợp.
Ngoài ra, Ban quản lý khẩn trương nghiên cứu phương án thu hồi vốn của dự án đảm bảo phù hợp với phương án tổng thể của tuyến cao tốc Bắc - Nam phía Đông, báo cáo cấp thẩm quyền xem xét, quyết định.
Trước đó, ngày 4/2/2021, Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 1213/NQ-UBTVQH14 về việc chuyển đổi phương thức đầu tư hai dự án thành phần quốc lộ 45 - Nghi Sơn và Nghi Sơn - Diễn Châu thuộc Dự án xây dựng một số đoạn đường bộ cao tốc trên tuyến Bắc - Nam phía Đông giai đoạn 2017-2020.
Đến ngày 1/3/2021, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết 26 triển khai Nghị quyết 1213 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Chính phủ giao Bộ GTVT thực hiện thẩm quyền của người quyết định đầu tư quyết định phê duyệt điều chỉnh 2 dự án thành phần theo quy định; rà soát, xác định và chịu trách nhiệm về tính chính xác, hợp lý của tổng mức đầu tư điều chỉnh của 2 dự án thành phần chuyển đổi; Bộ GTVT thực hiện thẩm quyền, trách nhiệm của người quyết định đầu tư tổ chức thực hiện các dự án thành phần theo quy định.