Theo đó, Điều 104 Nghị định số 125 quy định 3 nhóm điều kiện để công nhận đại học vùng, đại học quốc gia.
Tận dụng những nguồn lực, thành tựu và ưu thế sẵn có của đại học
Thứ nhất, đại học và các trường đại học thành viên (nếu có) đạt tất cả các tiêu chuẩn, tiêu chí của Chuẩn cơ sở giáo dục đại học đối với cơ sở đào tạo tiến sĩ và được công nhận đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Thứ hai, đang đào tạo tới trình độ tiến sĩ các ngành thuộc đủ các lĩnh vực: Khoa học tự nhiên, Toán và thống kê, Kỹ thuật, Máy tính và công nghệ thông tin, Khoa học xã hội và hành vi, Nhân văn, Kinh doanh và quản lý.
Thứ ba, có đề án phát triển thành đại học vùng, đại học quốc gia đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và triển khai thực hiện phù hợp với quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học và sư phạm, quy hoạch vùng.
Nội dung đề án cần nêu rõ: sự cần thiết phát triển thành đại học vùng, đại học quốc gia; mục tiêu phát triển thành đại học vùng, đại học quốc gia; các chỉ tiêu cần đạt để đại học có đủ năng lực thực hiện vai trò, sứ mệnh của đại học vùng, đại học quốc gia; các nhiệm vụ, giải pháp, nguồn lực và lộ trình thực hiện đề án để đạt được các mục tiêu, chỉ tiêu đề ra.
Nghị định số 125 cũng quy định trách nhiệm của Bộ GD&ĐT chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ và cơ quan, đơn vị liên quan tổ chức góp ý, thẩm định trước khi trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Việc bổ sung quy định công nhận đại học vùng, đại học quốc gia vào Nghị định số 125 nhằm thực hiện các Nghị quyết của Bộ Chính trị, cũng như để phù hợp với vai trò, vị trí, chức năng của đại học vùng, đại học quốc gia; hình thành đại học vùng, đại học quốc gia trên cơ sở công nhận đại học thành đại học vùng hoặc đại học quốc gia (các đại học này đã được thành lập và đang hoạt động theo quy định, nên việc đặt ra vấn đề thành lập lại là không phù hợp).
Việc hình thành đại học vùng, đại học quốc gia theo hướng này nhằm tận dụng những nguồn lực, thành tựu và ưu thế sẵn có của đại học, để bảo đảm ngay sau khi được hình thành thì đại học vùng, đại học quốc gia có đủ điều kiện để thực hiện chức năng, nhiệm vụ, sứ mệnh được giao.