Cụ thể, về thuế GTGT, Vinaconex 2 chưa phân bổ doanh thu không chịu thuế cho từng hoạt động, kê khai bổ sung VAT đầu vào không đúng quy định, kê khai khấu trừ thuế GTGT của doanh nghiệp có thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh. Như vậy, công ty thực hiện chưa đúng quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp, công ty hạch toán chi phí quản lý doanh nghiệp hoá đơn bỏ địa chỉ kinh doanh, giá vốn không tương ứng với doanh thu, trích lập dự phòng không đầy đủ hồ sơ theo quy định; hạch toán lãi vay vượt mức khống chế 30% EBITDA (thu nhập trước lãi vay, thuế và khấu hao). Như vậy, Vinaconex 2 đã vi phạm Nghị định 132/2020/NĐ-CP ngày 5/11/2020 của Chính phủ, Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính.
Về thuế thu nhập cá nhân, Vinaconex 2 kê khai thiếu thuế thu nhập cá nhân từ tiền công đối với cá nhân thuê ngoài (hợp đồng khoán việc) chi trả từ 2 triệu đồng/lần không thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân. Việc kê khai thiếu này vi phạm Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013.
Với các vi phạm như trên, Vinaconex 2 bị phạt 3,13 tỷ đồng, đồng thời nộp lại số tiền thuế còn thiếu vào ngân hàng Nhà nước, bao gồm 845 triệu đồng thuế thu nhập doanh nghiệp, 979 triệu đồng thuế GTGT, 7,6 tỷ đồng thuế thu nhập cá nhân và 3,2 tỷ đồng tiền chậm nộp. Như vậy, tổng số tiền Vinaconex 2 phải nộp về cho cơ quan thuế là 15,75 tỷ đồng.