Cụ thể, Bộ Tài chính đề nghị các tổng cục thực hiện kiểm tra chặt chẽ hồ sơ kê khai hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng đối tượng, đúng chính sách pháp luật; Tăng cường công tác kiểm tra trước, trong và sau hoàn thuế; Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý hoàn thuế, sớm áp dụng hóa đơn điện tử, dữ liệu lớn hóa đơn điện tử trên phạm vi toàn quốc để ngăn chặn tình trạng hoàn thuế khống, sử dụng hóa đơn giả,... gây thất thoát cho ngân sách nhà nước;Kịp thời phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật, chuyển cơ quan điều tra để xử lý nghiêm đối với các tổ chức, cá nhân lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT để gian lận, lập hồ sơ khống, quay vòng, sử dụng hóa đơn giả,... nhằm thu hồi đầy đủ số tiền thất thoát vào ngân sách nhà nước.
Bộ Tài chính cũng yêu cầu Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan phối hợp chặt chẽ, kịp thời với chính quyền địa phương và cơ quan chức năng để ngăn chặn các hành vi vi phạm pháp luật trong hoàn thuế GTGT.