Theo Thông tư 41/2021/TT-BTC, Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 được sử dụng để hỗ trợ, tài trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19.
Quỹ được vận động và tiếp nhận các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện bằng tiền, vắc-xin và các loại hình vật chất khác (không bao gồm vật tư, sinh phẩm, trang thiết bị y tế hỗ trợ cho phòng chống dịch) cho Quỹ của các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài; Được sử dụng các nguồn tài chính của Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 cho người dân theo nội dung phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ và đề nghị của Bộ Y tế; Được mở tài khoản giao dịch tại Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại để tiếp nhận các khoản đóng góp, tài trợ, hỗ trợ bằng tiền của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước.
Quỹ được sử dụng vốn nhàn rỗi bằng Đồng Việt Nam để gửi có kỳ hạn tối đa không quá 03 tháng tại các ngân hàng thương mại theo quy định tại Điều 18 Thông tư này nhằm mục đích bảo toàn và phát triển vốn cho Quỹ, nhưng phải đảm bảo an toàn.
Thông tư 41/2021/TT-BTC quy định, nguồn thu của Quỹ gồm: Các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước cho Quỹ, gồm: tiền (tiền Đồng Việt Nam, ngoại tệ), vắc-xin và các loại hình vật chất khác; Lãi tiền gửi của Quỹ tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại; Các nguồn thu hợp pháp khác (nếu có).
Về xác định trách nhiệm tiếp nhận, Thông tư quy định các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước cho Quỹ bằng tiền được chuyển vào tài khoản của Quỹ tại Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại;
Riêng các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước cho Quỹ bằng vắc-xin, Bộ Y tế thực hiện tiếp nhận để quản lý, phân phối và sử dụng theo quy định.
Bộ Y tế có trách nhiệm xác định giá trị quy tiền Đồng Việt Nam của vắc-xin được tài trợ cho Quỹ và định kỳ 10 ngày lập báo cáo gửi Quỹ theo Mẫu số 03-BC/QVX tại Phụ lục kèm theo Thông tư này, để hạch toán phản ánh vào thu, chi của Quỹ. Việc xác định giá trị quy tiền của vắc-xin căn cứ các hóa đơn, chứng từ do nhà tài trợ cung cấp; trường hợp không có hóa đơn, chứng từ của nhà tài trợ thì xác định theo giá tạm tính để phản ánh kịp thời vào thu của Quỹ, Bộ Y tế có trách nhiệm xác định giá chính thức theo quy định của pháp luật và báo cáo Quỹ để điều chỉnh hạch toán (nếu có chênh lệch);
Các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước cho Quỹ bằng các loại hình vật chất khác (không bao gồm vật tư, sinh phẩm, trang thiết bị y tế hỗ trợ cho phòng chống dịch), Quỹ thực hiện tiếp nhận để quản lý, theo dõi và hạch toán phản ánh vào thu của Quỹ khi xuất bán theo quy định.
Trường hợp tổ chức, doanh nghiệp có nhu cầu xác nhận về khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện cho Quỹ, Ban Quản lý Quỹ có trách nhiệm xác nhận đối với các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện bằng tiền, các hình thức vật chất khác; Bộ Y tế có trách nhiệm xác nhận đối với các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện bằng vắc-xin.
Về thẩm quyền quyết định chi của Quỹ, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổng hợp nhu cầu kinh phí để mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chi từ Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 theo quy định.
Căn cứ các nội dung chi được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Bộ Y tế lập hồ sơ đề nghị xuất Quỹ để chi theo quy định.
Bộ Y tế chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật, trước Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý, sử dụng số tiền được cấp từ Quỹ để mua, nhập khẩu vắc-xin, tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước; quản lý, sử dụng vắc-xin đã mua, nhập khẩu và vắc-xin đã tiếp nhận từ các nhà tài trợ theo đúng quy định.
Về công khai báo cáo tài chính quỹ , Thông tư quy định chi tiết các nội dung liên quan đế chế độ kế toán, quyết toán, báo cáo và công khai tài chính quỹ. Theo đó, Quỹ có trách nhiệm công khai báo cáo tài chính quỹ hàng tháng, 6 tháng, năm và báo cáo quyết toán Quỹ theo các mẫu biểu tại Phụ lục kèm theo Thông tư
Nội dung công khai bao gồm: Số tiền huy động, danh sách các tổ chức, cá nhân tài trợ, đóng góp, nội dung và số tiền đã chi, số dư quỹ còn lại.
Thời điểm công khai báo cáo tháng, 6 tháng chậm nhất sau ngày 10 kể từ ngày kết thúc tháng, 6 tháng; công khai báo cáo năm chậm nhất ngày 31 của tháng 01 năm sau và báo cáo quyết toán chậm nhất 30 ngày sau khi báo cáo được Bộ Tài chính phê duyệt.
Tông tư cũng quy định, việc công khai của Quỹ được thực hiện qua Cổng thông tin điện tử của Bộ Tài chính và một hoặc một số hình thức: công bố tại các cuộc họp, niêm yết tại trụ sở của Quỹ, phát hành ấn phẩm, thông báo bằng văn bản đến các cơ quan, tổ chức, đơn vị có liên quan, thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng.
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký.