Chùa Sinh Tồn Đông nằm trên đảo Sinh Tồn Đông, trong cụm Sinh Tồn tại quần đảo Trường Sa (huyện đảo Trường Sa, tỉnh Khánh Hòa). Giống như các ngôi chùa tại quần đảo Trường Sa, chùa Sinh Tồn Đông cũng là cột mốc tâm linh, điểm tựa vững chắc cho quân và dân trên đảo, nhằm khẳng định chủ quyền biển đảo thiêng liêng, bất khả xâm phạm của Việt Nam.
Chùa được xây trên khuôn viên có diện tích khoảng 500m2, gồm cổng tam quan, chính điện và một nhà tăng, cơ bản được kết cấu theo chuẩn của Phật giáo Việt Nam hiện nay, giống các ngôi chùa khác trên khắp lãnh thổ.
Chính điện chùa Sinh Tồn Đông là nhà 5 gian theo kết cấu chữ Đinh, xây chủ yếu bằng gỗ, vách mộc không trát vữa. Chính giữa thờ ban bệ Phật giáo Bắc Tông, ban chính gồm bộ Tam thế Phật (Quá khứ, Hiện tại, Vị lai). Tiếp đến bộ Tam thánh (Quan Âm, Thế Chí, Phật A Di Đà), sau cùng là bộ Hoa nghiêm (A Nan, Ca Diếp và Đức Phật Thích Ca). Xung quanh có 2 vị thần Thiện - Ác.
Chuông chùa Sinh Tồn Đông được đúc tại Thừa Thiên Huế, trên thân khắc bài Minh Chung theo tiếng Việt và Quốc huy của Việt Nam. Chuông có 4 gù đại diện cho 4 tiết, mỗi mùa có thể phát ra một âm thanh khác nhau. Tùy theo mùa và âm thanh mà người ta nhớ về tổ tiên và những điều tốt đẹp; tiếng chuông để người đang sống cảm thấy nhẹ nhàng, còn người đã mất thì siêu thoát cõi lòng.
Tất cả hệ thống tên chùa, hoành phi, các bức đại tự, đôi câu đối đều sử dụng chữ tiếng Việt. Bát hương và đồ thờ tại các chùa trên quần đảo Trường Sa đều được in Quốc huy của Nước Cộng Hoà Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam. Hai chữ “Từ bi” – “Hùng lực” trên 2 lối vào của mỗi tam quan cũng thể hiện tinh thần độc lập, tự cường, hộ quốc an dân, đồng hành cùng dân tộc của Phật giáo Việt Nam.
Điều đặc trưng của chùa Sinh Tồn Đông là không gian thanh bình, không có sự rầm rộ hay đông đúc dù vào ngày Rằm hay những dịp lễ trong năm. Trên đảo Sinh Tồn Đông, ngôi chùa là nơi cầu bình yên cho người dân, chiến sĩ và người thân của họ. Sinh Tồn Đông cũng như một ngôi chùa ở bất kỳ ngôi làng nào khác, đều là một nơi trấn trạch, tạo sự bình yên cho ngôi làng đó trước, rồi xa hơn là địa phương và quốc gia.