Các bệnh viện được phân công hỗ trợ công tác điều trị như sau: Bệnh viện Bạch Mai hỗ trợ tỉnh Hà Tĩnh, Bệnh viện Hữu nghị Việt Nam - Cu Ba Đồng Hới hỗ trợ tỉnh Quảng Bình, Bệnh viện Đa khoa Trung ương Huế hỗ trợ tỉnh Thừa Thiên - Huế, Bệnh viện Việt Đức hỗ trợ tỉnh Quảng Trị, Bệnh viện C Đà Nẵng hỗ trợ TP.Đà Nẵng, Bệnh viện Đa khoa Trung ương Quảng Nam hỗ trợ tỉnh Quảng Nam.
Các viện được phân công hỗ trợ phòng chống dịch gồm, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương hỗ trợ các tỉnh Hà Tĩnh và Quảng Bình, Viện Sức khỏe nghề nghiệp và Môi trường hỗ trợ các tỉnh Quảng Trị và Thừa Thiên - Huế, Viện Pasteur Nha Trang hỗ trợ TP.Đà Nẵng và tỉnh Quảng Nam.
Thủ trưởng các đơn vị được giao nhiệm vụ có trách nhiệm liên hệ với giám đốc sở y tế các tỉnh/thành để cử các tổ, đội, tổ chức trực ban; duy trì lực lượng cơ động; dự trữ thuốc, hóa chất, vật tư, phương tiện về cấp cứu y tế, vệ sinh môi trường và sẵn sàng tham gia ứng phó với thiên tai và tìm kiếm cứu nạn tại các địa phương trong vùng. Thực hiện các chính sách, tài chính theo quy định của pháp luật về phòng chống thiên tai.
Vụ Kế hoạch Tài chính (Văn phòng thường trực Ban chỉ huy phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn của Bộ Y tế) được phân công chủ trì, phối hợp với Cục Y tế Dự phòng, Cục Quản lý khám bệnh, chữa bệnh, Cục Quản lý môi trường y tế hướng dẫn tổ chức thực hiện.