Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT) là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về các ngành, lĩnh vực: nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thủy sản, thủy lợi, phòng chống thiên tai, phát triển nông thôn; quản lý Nhà nước đối với các dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của bộ theo quy định của pháp luật.
Theo cơ cấu tổ chức cũ, Bộ NN&PTNT có 04 Tổng cục gồm: Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Thủy sản, Tổng cục Thủy lợi và Tổng cục Phòng, chống thiên tai.
Tuy nhiên, theo quy định mới, 04 Tổng cục được sắp xếp tổ chức lại thành 06 Cục chuyên ngành. Cụ thể: Tổng cục Thủy lợi thành Cục Thủy lợi; Tổng cục Phòng, chống thiên tai thành Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; Tổng cục Lâm nghiệp thành 02 Cục: Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm; Tổng cục Thủy sản thành Cục Thủy sản và Cục Kiểm ngư.
Ngoài ra, đối với đơn vị Cục, Bộ NN&PTNT vẫn giữ ổn định 06 Cục, gồm: Cục Trồng trọt, Cục Bảo vệ thực vật, Cục Chăn nuôi, Cục Thú y, Cục Quản lý xây dựng công trình và Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn.
Đồng thời, hợp nhất Cục Chế biến và Phát triển thị trường nông sản với Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản thành Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường.